Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences

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Message par FFFF Mer Déc 01, 2021 5:45 pm

Erwee a écrit:
oxythan a écrit:
Satoru a écrit:
Nini a écrit:
Que pense notre spécialiste FFFF de cette théorie ?

Je ne suis pas FFFF, mais pour l'instant, les spécialistes disent qu'il est urgent d'attendre.

Les histoires de virulence moindre du variant Omicron, ça vient d'un médecin sud-africain, qui se base sur un panel réduit de patients, tous relativement jeunes.

Pareil, j'ai vu passer un tweet rassurant (venant d'Israel je crois) qui concluait au fait que le Pfizer perdait peu en efficacité avec le variant Omicron, mais là encore, basé uniquement sur quelques cas.

Bref, pour l'instant, on ne sait pas grand chose. Ni sur sa contagiosité (même si elle semble élevée, il va falloir confirmer sur le long terme), ni sur sa virulence, ni sur sa capacité à échapper au vaccin.

Oui on en sait absolument rien.
Je continue pour ma part à faire le suivi de ce qui se passe en afrique du sud, et j'en suis maintenant a deux semaines pour lesquelles le facteur de réplication effectif évolue entre 4 et 5 dans la région de Gauteng, c'est très différent des autres régions (qui comportent aussi de grandes villes et qui s'étaient comportées quasiment comme Gauteng dans le passé).

Maintenant ce qu'il est important de déterminer, c'est si cette contagiosité exceptionnelle (je dirais qu'elle dépasse tout ce qu'on aurais osé prédire) est provoquée par un virus beaucoup plus contagieux, un virus qui contourne toute l'immunité acquise, ou un peu des deux. La bonne nouvelle pour nous serait un truc hyper contagieux mais qui ne contournerais pas totalement l'immunité acquise.
Pour l'instant, on en sait rien.
On en saura un peu plus quand pfizer et moderna vont publier les résultats de tests sur sérum de vaccinés ou guéris, c'est prévu pour la fin de la semaine prochaine.
Quand en a la mortalité a  Gauteng, elle a commencé a décoller.

J'ai entendu dire que le cours des mutations, bien qu'il puisse faire augmenter la contagiosité, diminue la dangerosité du virus.
Je pense que c'est plus compliqué. Un virus n'a pas pour but de tuer son hôte, comme il n'a pas pour but de l'épargner, son seul but c'est de se multiplier. On pourrait alors penser qu'en effet, il serait dans "l'intérêt" du virus de ne pas tuer son hôte et donc toutes modifications se feraient pour diminuer la mortalité de l'hôte. Ca c'est la théorie et ça peut se vérifier sur plusieurs virus mais dans des temps assez longs.
Mais dans les laps de temps qui sont les notre il y a peut être d'autres paramètres à prendre en compte. Par exemple ceux qui souffrent d'effets graves ne sont pas les mêmes que ceux qui transmettent le virus. On peut donc imaginer une mutation qui décuple sa vitesse de multiplication chez les individus qui le transmette, cependant chez les personnes âgées ça pourrait augmenter le risque d'effets graves. C'est une balance entre transmission/immobilisation.

Pour la question de Nini, il est tout de même un peu tôt pour se prononcer. Pour l'instant ce variant a principalement touché des individus jeunes qui développent relativement peu de complications de toute manière et le nombre de personnes est relativement restreint. Il faudrait voir plus en détail. Ensuite il ne faut pas oublier que la situation du point de vu immunitaire, la situation est largement différentes par rapport à Mars 2020. Dans certains pays 90% ont une immunité contre le Covid. Peut être que celle ci est mis à mal par ce nouveau variant, mais ça ne sera tout de même pas 0.

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Message par Satoru Mer Déc 01, 2021 6:11 pm

Erwee a écrit:..
J'ai entendu dire que le cours des mutations, bien qu'il puisse faire augmenter la contagiosité, diminue la dangerosité du virus.

Il n'y a pas de "cours naturel des mutations" qui tendrait vers une moindre contagiosité. Il y a juste la sélection naturelle.

Un virus tellement mortel qu'il tue son hôte en peu de temps, ne le laissant pas contaminer d'autres personnes, risque (et heureusement !) de ne pas avoir un grand succès. Il va donc rapidement disparaitre et/ou laisser la place à des variants moins agressifs.

Le souci, c'est que le SARS-COV-2, en lui-même, n'est pas si agressif que ça. Il tue seulement 0,5% des personnes contaminées. Et il les tue lentement. Et il pousse même le vice jusqu'à être contagieux en phase pré-symptomatique. C'est sa forte contagiosité qui le rend si dangereux, pas sa virulence. Bref, au jeu de la sélection naturelle, il sera très compliqué à détrôner.

On est pas à l'abri d'un coup de bol, et de tomber un variant à la fois plus contagieux et moins méchant...mais ce serait vraiment un coup de bol. Pour un virus moins méchant, il faut plutôt compter sur notre immunité à nous, qui va se faire à force de vaccinations et de contaminations.
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Message par oxythan Mer Déc 01, 2021 6:52 pm

Bon, les chiffres qui viennent d'Afrique du sud sont vraiment suspects tellement ils semblent excessifs, je sais pas quoi en faire. Tout explose, l'incidence mais aussi le taux de positivité.

En gros si on lisse tout avec des moyennes a 7 jours on est a 25% de progression de l'incidence par jour, soit un taux de réplication effectif de 4.7 par semaine.


Dernière édition par oxythan le Mer Déc 01, 2021 7:19 pm, édité 1 fois

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Message par schumi0203 Mer Déc 01, 2021 7:11 pm

oxythan a écrit:Bon, les chiffres qui viennent d'Afrique du sud sont vraiment suspects tellement ils semblent excessifs, je sais pas quoi en faire. Tout explose, l'incidence mais aussi le taux de positivité.

Qu'en est-il de leurs chiffres par le passé ?

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Message par oxythan Mer Déc 01, 2021 7:22 pm

je vais poster les datas que j'ai, j'ai pris 3 provinces caractéristiques, Gauteng ou le variant est devenu dominant mais aussi deux autres provinces qui si on les cumulent on "en moyenne" donné l'incidence de Gauteng depuis le début de l'épidémie.

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Message par oxythan Mer Déc 01, 2021 7:26 pm

J'ai importé mon fichier dans un google sheet que j'ai partagé en public, c'est ici:

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1haC9ikteWwiQTb8WJsWg4P0RB4kV91BDbJPPaEwmsuE/edit?usp=sharing

Quelqu'un peu vérifier que l'accès est bien public ?

Bon l'échelle verticale du graphique a perdu ses unités, mais la forme des courbes est ok, et les datas sont bien passées

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Message par oxythan Mer Déc 01, 2021 7:51 pm

Donc pour comparaison, dans la province de Gauteng en Afrique du Sud la progression des cas est de 25% par jour (376% par semaine) (moyenne prise sur 10 jours par racine dixième du rapport d'incidence), et en France elle est actuellement de 6.5% par jours (55% semaine), soit 4 fois moins.

Sinon il y a ça aussi pour aider a y voir un peu clair

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Message par Erwee Mer Déc 01, 2021 10:14 pm

Satoru a écrit:
Erwee a écrit:..
J'ai entendu dire que le cours des mutations, bien qu'il puisse faire augmenter la contagiosité, diminue la dangerosité du virus.

Il n'y a pas de "cours naturel des mutations" qui tendrait vers une moindre contagiosité. Il y a juste la sélection naturelle.

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Le souci, c'est que le SARS-COV-2, en lui-même, n'est pas si agressif que ça. Il tue seulement 0,5% des personnes contaminées. Et il les tue lentement. Et il pousse même le vice jusqu'à être contagieux en phase pré-symptomatique. C'est sa forte contagiosité qui le rend si dangereux, pas sa virulence. Bref, au jeu de la sélection naturelle, il sera très compliqué à détrôner.

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Surprenant... À vous lire, on dirait que ce virus est doté d’une forme de conscience ou d’intelligence lui permettant d’être stratégique.

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Message par schumi0203 Mer Déc 01, 2021 10:28 pm

Non, il s'agit simplement de la sélection naturelle

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Message par Gus Mer Déc 01, 2021 10:45 pm

Ce matin test du fiston suite à un cas dans sa classe....



Et ce soir ... Test positif ! Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences - Page 23 3088660768

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Message par Rye Mer Déc 01, 2021 11:18 pm

Gus a écrit:Ce matin test du fiston suite à un cas dans sa classe....



Et ce soir ... Test positif ! Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences - Page 23 3088660768

Oh non j'espère qu'il va bien quand même Sad

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Message par Gus Mer Déc 01, 2021 11:31 pm

Ben aussi bien que ce matin Laughing
Il a pas de symptôme. On a reçu les résultats après le coucher donc il est pas encore atteint psychologiquement... nous par contre, si Sad
On va aller se faire tester demain... on en est à espérer être positifs également pour pouvoir être arrêtés.
Sinon, on est reparti pour 17 jours de confinement à travailler avec trois enfants dans les pattes !

Pitié.

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Message par oxythan Mer Déc 01, 2021 11:52 pm

Gus a écrit:Ben aussi bien que ce matin Laughing
Il a pas de symptôme. On a reçu les résultats après le coucher donc il est pas encore atteint psychologiquement... nous par contre, si Sad
On va aller se faire tester demain... on en est à espérer être positifs également pour pouvoir être arrêtés.
Sinon, on est reparti pour 17 jours de confinement à travailler avec trois enfants dans les pattes !

Pitié.

J'espère que ton fiston s'en remettra aussi bien que les miens (ils en ont bavé que 2 jours, et après ils étaient frais comme des gardons).

Sinon de notre coté on est cerné de gens contaminés.
La "coatch sportive" de ma femme, son chef au boulot.
A croire qu'elle a envie de ne pas avoir fait sa 3e dose pour rien.

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Message par FFFF Mer Déc 01, 2021 11:57 pm

Je me permets hélas de revenir à ce que je disais sur la manière dont la pandémie est gérée.

Une mutation, ça arrive aléatoirement, toute portion du génome du virus peut être sujette à cela. Dans la grande majorité des cas ces mutations ont un effet néfaste pour le virus et il devient moins efficace que la version non mutée. Il en résulte que cette mutation s'éteindra. Dans une bonne partie d'autres cas cette mutation ne change quasi rien pour le virus et donc elle sera maintenue ou éliminée au hasard des choses. Enfin dans de très rares cas, ces mutations vont apporter un avantage au virus qui lui permettra d'échapper plus efficacement à la réponse immunitaire ou/et se répandre intrinsèquement plus rapidement que la version d'avant.
Cependant le point important à retenir c'est que bénéfique, neutre ou mauvaise, l'origine de tout ces variants sont des mutations aléatoires qui sont gouvernées par des probabilités très faibles.

L'autre point à retenir c'est que se barricader, faire de l'autarcie, ça ne résoudra pas les problèmes. Entre un virus venu de Chine, un variant anglais, un variant indien, un variant Sud-Af on se rend bien compte que le meilleur moyen pour qu'une population soit protégée, c'est que tout le monde au niveau mondial le soit, sinon c'est un peu comme allumer le chauffage tout en ayant la fenêtre constamment ouverte. C'est du gaspillage de ressources.

Quand j'écoute le patron de l'OMS parler, ça me fend le coeur. Il n'a de cesse de répéter qu'il ne faut pas jouer à l'égoïste, que si on ne test pas, on ne voit pas, que les vaccins sont un outil, pas la solution... mais personne ne l'écoute.



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Message par Zelkin Jeu Déc 02, 2021 1:20 am

Satoru a écrit:Un virus tellement mortel qu'il tue son hôte en peu de temps, ne le laissant pas contaminer d'autres personnes, risque (et heureusement !) de ne pas avoir un grand succès. Il va donc rapidement disparaitre et/ou laisser la place à des variants moins agressifs.

C'était le cas du SRAS de 2003 de ce que j'en avais lu dans un article passionnant du Monde

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 2:10 am

Bon, en Grande Bretagne le variant omicron est "peut être" en train de commencer à apparaitre dans les tests.
Alors il faut savoir que cette "S gene target failure" était déjà la dans le variant alpha mais pas dans le béta, et elle est aussi dans le omicron.
Le fait qu'elle réapparaisse à la fin novembre après 5 mois ou elle était devenue quasiment indétectable  (période ou le beta à écrasé l'alpha) peut inciter à penser que Omicron commence à se diffuser en grande bretagne.
Par contre regardez l'échelle, c'est tout petit, on en est qu'a 0.3% des tests qui reviennent avec une "S gene target failure".
Si on considère que le bruit de fond est a 0.1%, ça ne fait que 0.2% de plus, soit ~ 60 tests qui sont revenus avec cette anomalie.



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Message par Satoru Jeu Déc 02, 2021 8:48 am

Satoru a écrit:

En tout cas, en Europe de l'est/centrale, c'est plutôt en baisse. Et l'Allemagne semble sur le point d'atteindre son pic (qui est de presque 60 000 cas/jour, alors que le record de l'Allemagne jusqu'à présent était autour de 25 000 cas/jour en décembre 2020).


En Allemagne, hier, première baisse de la moyenne depuis mi-octobre. Attendue, car depuis vendredi, ça n'augmentait que très lentement. Le pic semble donc bien être passé.

En France, confirmation du ralentissement progressif de la hausse. Même si ça reste encore très rapide. A ce rythme là, on en a encore pour 10 ou 15 jours de hausse, mais dès fois, les retournements de tendance sont plus rapides. Et peut-être que la 3e dose va y contribuer.

Bien entendu, pour la France comme pour tous les pays, on parle là du variant Delta. Reste à savoir l'influence que Omicron aura quand il deviendra majoritaire (s'il le devient).
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Message par Nini Jeu Déc 02, 2021 10:03 am

Le coronavirus COVID-19 - Infos, évolution et conséquences - Page 23 23px-Flag_of_France.svg
Date - Nbre de cas (Nbre de cas à J-7) [Evolution / J-7]=> Evolution de la moyenne => Nouvelle moyenne {Evolution / J-7}

2 novembre : 2039 (6603) [-69%] => -652 => 6288 {-2%}
3 novembre : 10050 (6528) [54%] => 503 => 5791 {6%}
4 novembre : 9502 (6461) [47%] => 434 => 6226 {13%}
5 novembre : 8998 (6433) [40%] => 366 => 6592 {21%}
6 novembre : 9605 (7360) [31%] => 321 => 6913 {26%}
7 novembre : 8547 (6329) [35%] => 317 => 7320 {29%}
8 novembre : 2197 (1866) [18%] => 47 => 7626 {28%}
9 novembre : 12476 (2039) [512%] => 1491 => 9117 {72%}
10 novembre : 11883 (10050) [18%] => 262 => 9379 {62%}
11 novembre : 12603 (9502) [33%] => 443 => 9822 {58%}
12 novembre : 3860 (9461) [-59%] => -800 => 9022 {35%}
13 novembre : 14646 (10824) [35%] => 546 => 9568 {34%}
14 novembre : 12496 (9308) [34%] => 455 => 10023 {32%}
15 novembre : 3241 (2197) [48%] => 149 => 10172 {33%}
16 novembre : 19778 (12476) [59%] => 1043 => 11215 {23%}
17 novembre : 20294 (11883) [71%] => 1202 => 12417 {32%}
18 novembre : 20366 (12603) [62%] => 1109 => 13526 {38%}
19 novembre : 21220 (3860) [450%] => 2480 => 16006 {77%}
20 novembre : 22678 (14646) [55%] => 1147 => 17153 {79%}
21 novembre : 19749 (12496) [58%] => 1036 => 18189 {81%}
22 novembre : 5266 (3241) [62%] => 289 => 18479 {82%}
23 novembre : 30454 (19778) [54%] => 1525 => 20004 {78%}
24 novembre : 32591 (20294) [61%] => 1757 => 21761 {75%}
25 novembre : 33464 (20366) [64%] => 1871 => 23632 {75%}
26 novembre : 34436 (21220) [62%] => 1888 => 25520 {59%}
27 novembre : 37218 (22678) [64%] => 2077 => 27597 {61%}
28 novembre : 31648 (19749) [60%] => 1700 => 29297 {61%}
29 novembre : 8279 (5266) [57%] => 430 => 29727 {61%}
30 novembre : 47177 (30454) [55%] => 2389 => 32116 {61%}
1er décembre : 49610 (32591) [52%] => 2431 => 34547 {59%}

Comme on discutait hier avec Satoru, on voit effectivement venir un fléchissement de la hausse. Espérons que la tendance se confirme durablement.

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Message par schumi0203 Jeu Déc 02, 2021 11:36 am

oxythan a écrit:Sinon il y a ça aussi pour aider a y voir un peu clair

J'ai beaucoup de mal à comprendre comment on pourrait avoir ces infos à l'heure actuelle:
Ca suppose qu'un pays qui a déjà donné pas mal de doses de booster subissent des hospitalisations due à ce nouveau variant. Quels sont ces pays ? Je ne vois pas quels seraient ces pays. Et si un tel pays existe, je serais très curieux de voir les intervalles de confiance qui doivent être énorme, vu la très probable faible taille d'échantillon

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 12:04 pm

J'ai en gros la même chose a mon niveau sur les datas que je récupère d'AS.



Mais je continue a me demander comment un tel gain de contagiosité est possible, ça impliquerais une charge virale bien plus faible pour contaminer quelqu'un.

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 12:12 pm

schumi0203 a écrit:..

J'ai beaucoup de mal à comprendre comment on pourrait avoir ces infos à l'heure actuelle:
Ca suppose qu'un pays qui a déjà donné pas mal de doses de booster subissent des hospitalisations due à ce nouveau variant. Quels sont ces pays ? Je ne vois pas quels seraient ces pays. Et si un tel pays existe, je serais très curieux de voir les intervalles de confiance qui doivent être énorme, vu la très probable faible taille d'échantillon

AHMA ça vient tout d'Afrique du sud, et une telle "précision" me surprend aussi.

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Message par Nini Jeu Déc 02, 2021 12:49 pm

oxythan a écrit:Mais je continue a me demander comment un tel gain de contagiosité est possible, ça impliquerais une charge virale bien plus faible pour contaminer quelqu'un.
Une charge virale plus faible, ou un virus restant plus haut dans les voies respiratoires ? Ce qui pourrait expliquer la théorie de la contagiosité plus forte, et la dangerosité moindre, puisqu'il descendrait moins loin dans les bronches et les poumons ?

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 1:13 pm

Nini a écrit:
oxythan a écrit:Mais je continue a me demander comment un tel gain de contagiosité est possible, ça impliquerais une charge virale bien plus faible pour contaminer quelqu'un.
Une charge virale plus faible, ou un virus restant plus haut dans les voies respiratoires ? Ce qui pourrait expliquer la théorie de la contagiosité plus forte, et la dangerosité moindre, puisqu'il descendrait moins loin dans les bronches et les poumons ?

Des hypothèses on peut en faire pas mal.
Ce qui a été rapporté c'est que les charges virales des malades étaient très élevées ( le PCR demandant peu de séquences de réplication pour virer positif), rien que cela pourrais expliquer une plus grande contagiosité.
Le temps avant d'apparition des symptômes aussi est important, plus les gens mettent de temps à déclarer les symptômes, plus ils pourrons disséminer la maladie sans se douter qu'ils sont malades.

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 1:25 pm

Vous avez ici le détail des hospitalisation en afrique du sud.
https://app.powerbi.com/view?r=eyJrIjoiYTg4MzUyMWQtY2UwMi00MmIyLWJmNzktOGMxMDBjYjc5MzAwIiwidCI6ImE1MTczNzFjLWYzMTYtNDg0Yy1hYzVjLTk4Yjc2MTI3NzkwYSIsImMiOjl9

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Message par oxythan Jeu Déc 02, 2021 7:16 pm

L'Afrique du sud est sur la "bonne voie" pour atteindre son record de contamination journalière d'ici dimanche, on en sera alors a seulement 3 semaines après le début de la vague. Pour comparaison, sur le record précédent provoqué par la vague delta ça avait pris 2 mois ( du 11 mai au 11 juillet).
De plus avec le Delta c'était pendant l'hivers, alors que la c'est l'été..

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